《第一幕第一場─在叢林深處》

塔米諾王子被巨蛇嚇昏，醒來時發現一位捕鳥人"帕帕基諾"，自稱巨蛇是他所殺，而其實是夜之后的三位侍女所為。她們拿出公主的肖像交給王子，請求他從大祭司薩拉斯妥手中救出公主，並將許配給他。王子見了肖像中的公主，唱出「畫像詠嘆調」:　

三位侍女把魔笛交給王子，銀鈴交給捕鳥人，希望他們藉魔笛、銀鈴的法力，在三位仙童的引導下，能救回公主。

《第一幕第九場─在祭司城堡內》                       　

大祭司薩拉斯妥的黑奴領班，正在鞭打公主時，帕帕基諾闖進來，領班被捕鳥人嚇跑後，捕鳥人認出公主，轉述王子的愛意，告之王子已來拯救她了，兩人逃離大廳。另一方面，迷途的王子遇到僧侶，被告知:不該輕信夜之后的話，只是想尋仇，而不是由美德和愛所驅使，怎可能得到所想要的?王子疑惑中不覺地吹起魔笛，引來萬獸與之共舞，而這笛聲也引來了捕鳥人與公主，黑奴領班和黑奴們也跟著出現，還好魔鈴解除了緊張氣氛。此時，大祭司薩拉斯妥出現，表示王子和公主還得經過更多的試煉，兩人才能結合在一起。

《第二幕─眾祭司開會的大廳》   

祭司們決定讓王子接受美德的考驗：緘口、勇氣、定力。捕鳥人不甘願地陪王子開始進入試煉的殿堂。

          另一景，夜之后強迫公主拿利刃殺大祭司，唱出花腔詠嘆調「地獄的仇恨在我心中燃燒」

夜之后離去後，黑奴奪過公主的短劍，威脅他，如不順從他，就要向大祭司密告，但公主寧死不從，正在危急時，大祭司出現，制止了黑奴並以慈祥的口氣安慰公主，勸她千萬不可犯錯，並且要她以愛心對待任何一個人。唱出「在這神聖的殿堂」

《舞台的景換成大廳》　

與帕帕基諾配對的帕帕基娜化身又老又醜的老太婆登場，王子因接受考驗而不理睬公主。此時公主既困惑且傷心地唱出「愛的歡樂像朝露般消失」:

祭司感謝神明，並祝福王子的最後一個考驗順利完成，捕鳥人也搖鈴跳舞，自己一個人喝酒歡唱，希望趕快找到一位年輕可愛的妻子，因而唱出「如果有愛人或妻子該多好」: 老太婆拄著拐杖再度出現，要捕鳥人發誓愛她，否則永遠只能吃麵包喝白開水，捕鳥人無奈的答應，未料老太婆搖身一變，成為貌美的姑娘，兩人共譜愛曲，還計畫生一大堆的帕帕基諾和帕帕基娜。

  最後，黑奴領班聯合夜之后想進攻神殿，破壞一切，然而在光明殿中被神力打下地獄，所有的人們為光明戰勝黑暗而歡呼，在熱鬧的大合唱中結束。